Istituita con decreto dell’Assessore Regionale Territorio e Ambiente n.257 dell’11 maggio 1995, è stata affidata in gestione all’Associazione Italiana per il WWF.  La Riserva si estende su quasi mille ettari, suddivisi in zona A di Riserva (707 ha) e zona B di Pre-Riserva (278,75 ha). Il personale impiegato dall'Ente Gestore consta di 4 operatori di sorveglianza e un direttore. Gran parte della Riserva include proprietà private, nelle quali piccole e grandi imprese esercitano la millenaria attività della "coltivazione" del sale. Il sito costituisce una delle più importanti aree umide costiere della Sicilia occidentale; occupato in gran parte da saline coltivate in maniera tradizionale, con pantani e campi coltivati in aree marginali, le sue valenze biologiche sono plurime, interessando aspetti faunistici (uccelli, pesci, artropodi), floristici, vegetazionali. A queste valenze si aggiungono quelle paesaggistiche, etno-antropologiche, architettoniche, storiche.

Tra gli habitat di rilievo presenti, citiamo:
- Lagune costiere (cod. Natura 2000: 1150, habitat prioritario)

I bacini utilizzati per l’estrazione del sale, date le tecniche utilizzate (che sono quelle tradizionali in uso da secoli) e la particolare geomorfologia della costa (che vedeva la presenza di lagune e pantani costieri), costituiscono un ambiente che seppure in gran parte artificiale, ospita una grande diversità biologica, dal livello microscopico dei batteri a quello macroscopico degli uccelli. Si tratta di organismi estremamente specializzati per questo ambiente, e per i vari gradi di salinità presenti nelle differenti vasche, oppure (come nel caso degli uccelli) che trovano in questo ambiente sosta e cibo durante le migrazioni.

- Steppe salate mediterranee (Limonietalia) (cod. Natura 2000: 1510, habitat prioritario)

Associazioni vegetali ricche in specie di Limonium (di cui numerose endemiche) con presenza di Lygeum spartum, su suoli temporaneamente o periodicamente permeati da acqua salmastra e soggetti ad estrema aridità estiva.

- Vegetazione annua delle linee di deposito marine (cod. Natura 2000: 1210)
- Fruticeti alofili mediterranei e termo-atlantici (Sarcocornetea fruticosi) (cod. Natura 2000: 1420)

Tra le specie caratteristiche della Riserva, l’endemica Calendula maritima (qui a fianco) è una delle più preziose. Il suo areale è infatti limitato alla zona costiera compresa tra lo Stagnone di Marsala e la zona di Pizzolungo, appena a Nord di Trapani. L'Isola del Ronciglio (oggi collegata alla terraferma dalle saline, e ricadente entro i confini della Riserva) costituisce uno dei suoi "loci classici": la descrizione di questa specie fu cioé effettuata sulla base di piante provenienti da questa località.Le sue preferenze ecologiche la portano ad occupare una stretta fascia costiera, a ridosso degli accumuli di Posidonia spiaggiata. Una vera “attrazione” della Riserva è il cosiddetto “Fungo di Malta”, che in realtà non è un fungo ma una pianta parassita (Cynomorium coccineum L.). Si tratta di una specie rara: in Italia, oltre alla zona fra Trapani e Marsala, è possibile osservarla solo in poche aree costiere della Sardegna e della Basilicata.

L'ambiente delle saline, fortemente salmastro, è il regno delle Chenopodiacee: lungo gli argini delle saline e nei pantani salmastri temporanei questa famiglia di piante fanerogame sfoggia la sua ricchezza di specie alofile appartenenti a numerosi generi (Salicornia, Arthrocnemum, Halopeplis, Halocnemum, Suaeda, Salsola, Atriplex, Halimione, Beta). Si tratta di specie erbacee o di piccoli arbusti, in grado di crescere in questo ambiente (particolarmente "estremo" per la presenza di suoli salati) grazie a diversi meccanismi di adattamento: molte di queste piante hanno foglie grasse, dove viene accumulata l'acqua, e da cui vengono "espulsi" i sali in eccesso. Numerosi ambienti sono poi presenti nella Riserva, a ciascuno dei quali corrispondono differenti comunità vegetali e differenti specie vegetali: i corsi d'acqua dolce, i pantani e le zone umide di acqua dolce, le spiagge, i praticelli effimeri, le praterie salmastre. Anche nelle vasche e nei canali delle saline sono presenti interessanti comunità vegetali, con presenza di fanerogame marine quali Ruppia drepanensis e Posidonia oceanica. Notevole la presenza entro i confini della Riserva di diverse specie vegetali rare, incluse tra quelle più vulnerabili al rischio di estinzione nel "Libro Rosso delle Piante d'Italia":